Solna, Suecia:
En comparación con el análisis citogenético convencional (CCA), el cariotipo basado en secuenciación de próxima generación (NGS) ofreció una mayor comprensión del pronóstico de los pacientes con leucemia mieloide aguda (LMA) tratada de forma intensiva, en particular a través de su capacidad para detectar mejor las alteraciones del número de copias (CNA). Estos hallazgos sugieren que los enfoques basados en NGS, dada su mayor precisión y sensibilidad, podrían reemplazar el CCA para el cariotipo «pero justifican una precaución especial para las fusiones de baja expresión», dijo el investigador principal Sylvain Mareschal, PhD, del Instituto Karolinska en Suecia.
El estudio, publicado en Blood Advances, incluyó a 281 pacientes que fueron diagnosticados con LMA en Suecia entre 1997 y 2014. Los médicos recolectaron médula ósea o sangre periférica en el momento del diagnóstico. Los pacientes que no tenían leucemias promielocíticas agudas comenzaron el tratamiento con quimioterapia estándar y 57 pacientes se sometieron a un trasplante alogénico de células hematopoyéticas.
La ACC se realizó como diagnóstico de rutina y los investigadores compararon estos hallazgos con los de una combinación de dos técnicas basadas en NGS. Utilizaron hibridación in situ de fluorescencia (FISH) para validar cualquier resultado contradictorio y disparidad entre CCA y la secuenciación superficial del genoma completo (sWGS).
Los investigadores secuenciaron el ARN total después del agotamiento del ARN ribosómico, produciendo una mediana de 69,3 millones de lecturas de 126 pares de bases de extremos emparejados para cada paciente. También se secuenció el ADN genómico total, lo que proporcionó una mediana de 11,5 millones de lecturas de 51 pb de un solo extremo por paciente. Un total de 225 pacientes se sometieron a la reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa dependiente de la ligadura.
Según los investigadores, el uso de sWGS identificó 901 segmentos genómicos con ADN CNA en el 43% de la cohorte (n = 12). Las comparaciones entre sWGS y CCA en la detección de CNA se realizaron al nivel de aberración. Ambas técnicas describieron 672 aberraciones. Aproximadamente el 52% de las 118 aberraciones detectadas por sWGS fueron más cortas que las detectadas normalmente por CCA.
En general, sWGS funcionó mejor que CCA en la detección de CNA que definen la European LeukemiaNet (ELN). CCA sobrestimó las monosomías y no fue un método óptimo para evaluar la complejidad del cariotipo, encontraron los investigadores. La concordancia entre CCA y sWGS para todos los criterios relacionados con ELN CNA promedió el 96%, pero cada técnica informó aberraciones que no fueron confirmadas por la otra.
Los investigadores encontraron que 1 millón de lecturas por paciente era suficiente para la evaluación precisa de las CNA que definen el ELN. La pérdida genómica total, caracterizada por una pérdida total de 200 megabases o más por sWGS, fue un mejor marcador de complejidad genética y peor pronóstico que una definición de cariotipo complejo basada en CCA.
La concordancia entre CCA y secuenciación del transcriptoma completo (WTS) para la detección de fusión fue del 99%. Además, WTS ofrece una cobertura más amplia de fusiones en LMA que podrían pasarse por alto en el análisis citogenético. Por ejemplo, la técnica WTS presentó una mejor sensibilidad para la identificación de reordenamientos inv (16) y KMT2A.
Un problema que surge con el uso de técnicas nuevas basadas en NGS y otras con mejor resolución y cobertura es una mayor identificación de aberraciones genéticas con significado desconocido. Específicamente, las técnicas carecen de la capacidad de proporcionar pistas sobre cómo abordar estas aberraciones y si son clínicamente relevantes. “Sin embargo, esta es una situación a la que ya nos enfrentamos cuando CCA detecta aberraciones con significado desconocido o cuando los paneles de mutación del ADN detectan mutaciones con valor pronóstico desconocido”, escribieron los autores.
La capacidad de las técnicas de NGS para proporcionar una resolución y una sensibilidad superiores a la CCA enfatiza la necesidad de investigaciones futuras para investigar y desarrollar nuevos marcadores de pronóstico basados en NGS, agregaron los investigadores, y esto también puede mejorar el tratamiento individualizado de la leucemia mieloide aguda.
Los autores del estudio informan que no existen conflictos de intereses relevantes.
